Το ΕΚΒΥ από την ίδρυσή του το 1991 επεδίωξε και επέτυχε να αναπτύξει ένα ευρύ δίκτυο συνεργασιών στην Ελλάδα και σε άλλες χώρες. Ειδικότερα συνεργάζεται με:
Δημόσιες υπηρεσίες και ιδιαίτερα με εκείνες που είναι αρμόδιες για την αειφορική διαχείριση των ανανεώσιμων φυσικών πόρων, όπως οι διάφορες υπηρεσίες των Γεν. Δ/νσεων Περιβαλλοντικής Πολιτικής, Δασών και Δασικού Περιβάλλοντος, Υδάτων του ΥΠΕΝ, το Πράσινο Ταμείο, ο Οργανισμός Φυσικού Περιβάλλοντος και Κλιματικής Αλλαγής (ΟΦΥΠΕΚΑ) και οι κατά τόπους Μονάδες Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών (ΜΔΠΠ) που λειτουργούν υπό την εποπτεία του, υπηρεσίες άλλων υπουργείων, όπως το Υπ. Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων (ΥΠΑΑΤ), το Υπουργείο Πολιτισμού και το Υπουργείο Παιδείας, Θρησκευμάτων και Αθλητισμού, σχετικές υπηρεσίες των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων, υπηρεσίες της Τοπικής Αυτοδιοίκησης (Περιφέρειες και Δήμοι), το Τμήμα Περιβάλλοντος του Υπ. Γεωργίας, Αγροτικής Ανάπτυξης και Περιβάλλοντος Κύπρου κ.ά.
Ερευνητικά και εκπαιδευτικά ιδρύματα της Ελλάδας και του εξωτερικού, όπως το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (ΑΠΘ), το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, το Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης (ΔΠΘ), το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, το Ελληνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών (ΕΛΚΕΘΕ), ο Ελληνικός Γεωργικός Οργανισμός ΔΗΜΗΤΡΑ (ΕΛΓΟ – ΔΗΜΗΤΡΑ), το Εθνικό Κέντρο Έρευνας Φυσικών Επιστημών ΔΗΜΟΚΡΙΤΟΣ, το Εθνικό Αστεροσκοπείο Αθηνών, το Εθνικό Κέντρο Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης (ΕΚΕΤΑ), το Υδροβιολογικό Ινστιτούτο Οχρίδας, το Ευρωπαϊκό Θεματικό Κέντρο του Πανεπιστημίου Μάλαγας, Πανεπιστήμια της Βουλγαρίας κ.ά.
Συναφείς υπηρεσίες της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, όπως το Κοινό Κέντρο Ερευνών (JRC) και ο Ευρωπαϊκός Οργανισμός Περιβάλλοντος (ΕΕΑ).
Ελληνικές και ξένες περιβαλλοντικές οργανώσεις, όπως το WWF, η Tour du Valat, η Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρεία (ΕΟΕ), το Green Tank, η Εταιρεία Προστασίας Πρεσπών (ΕΠΠ), η iSea κ.ά.
Ιδιωτικές εταιρείες, όπως η ΔΕΗ ΑΕ, η ENVECO AE, η ΟΙΚΟΜ ΕΠΕ, η IACO Ltd κ.ά. αλλά και ανεξάρτητους ερευνητές.
Επίσης, το ΕΚΒΥ συμμετέχει στην Πρωτοβουλία MedWet, για τη συνεργασία χωρών και οργανισμών της Μεσογείου σε θέματα υγροτόπων, που συνενώνει ένα δίκτυο κρατών, ιδρυμάτων και οργανώσεων και λειτουργεί υπό την αιγίδα του Γραφείου της Σύμβασης Ραμσάρ. Περαιτέρω, συμμετέχει σε δίκτυα οργανισμών, όπως τα Ecosystem Services Partnership, Europa Biodiversity Observation Network, Prespa Water Forum (με εκπροσώπους από Ελλάδα, Β. Μακεδονία και Αλβανία) καθώς και σε διάφορα δίκτυα και ομάδες ενδιαφερόμενων μερών που αναπτύσσονται στο πλαίσιο έργων HORIZON, INTERREG κ.ά. Το προσωπικό του ΕΚΒΥ ανήκει στους συνεργάτες της Επιτροπής Μελέτης Επιπτώσεων Κλιματικής Αλλαγής (ΕΜΕΚΑ), για θέματα που αφορούν στο περιβάλλον και συμμετέχει στα Βιογεωγραφικά Σεμινάρια για το δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000, στη Μεσογειακή ζώνη. Τέλος, το ΜΓΦΙ-ΕΚΒΥ υποστηρίζει το δίκτυο/πλατφόρμα επιστήμης πολιτών για την καταγραφή και ταυτοποίηση της βιοποικιλότητας iNaturalistGR, το οποίο διαχειρίζεται η Οργάνωση iSea.
