Ο γενικός σκοπός του ΕΚΒΥ είναι να προωθήσει την αειφορική διαχείριση των ανανεώσιμων φυσικών πόρων στην Ελλάδα και σε άλλες περιοχές της Μεσογειακής Λεκάνης και της Ευρωπαϊκής Ηπείρου.

- Να ενισχύει το επιστημονικό υπόβαθρο για τη φύση και τη βιοποικιλότητα, μέσω έρευνας, απογραφής, παρακολούθησης και αξιολόγησης περιοχών, οικοσυστημάτων, τύπων οικοτόπων και ειδών.
- Να οργανώνει την επιστημονική πληροφορία και να διαχέει την επιστημονική γνώση.
- Να προάγει την περιβαλλοντική ενημέρωση και ευαισθητοποίηση.
- Να προωθεί την εκπαίδευση και την κατάρτιση σε θέματα αειφορικής διαχείρισης ανανεώσιμων φυσικών πόρων.
- Να σχεδιάζει πολιτικές και μέτρα και να παρέχει υπηρεσίες σχετικές με τη διατήρηση, αειφορική διαχείριση και αποκατάσταση των οικοσυστημάτων.